تبنت الوزارة منذ عام 1976م، في سبيل تنفيذ مهامها ومسئولياتها وفي نطاق سياسة التخطيط التنموي التي اعتمدتها السلطنة منذ نهضتها المباركة كسبيل للتنمية الاقتصادية والاجتماعية الشاملة أسلوب وضع خطط التنمية الخمسية، وكانت لخطط التنمية الصحية الخمسية آثارها الواضحة في تطور الخدمات الصحية وتحسن الوضع الصحي للسكان. ويعكس هذا التطور التزام الحكومة منذ فجر النهضة المباركة بنشر الخدمات الصحية وتوفير الرعاية الصحية لكافة المواطنين.

ولقد شملت المرحلة الأولي من مراحل التخطيط الصحي في سلطنة عمان الفترة من عام 1976م وحتى نهاية عام 1990م، والتي أنجزت فيها وزارة الصحة ثلاث خطط خمسية تميزت بكونها خططا استثمارية بحتة استهدفت بناء هياكل البنية الصحية، حيث لم يكن متوافرا في السلطنة في بدايات عصر النهضة سوى عدد محدود من المؤسسات الصحية الصغيرة لم تكن كافية للتصدي للوضع الصحي المتردي في ذلك الوقت.

ولقد بدأت المرحلة الثانية في عام 1991م وشملت أيضا ثلاث خطط خمسية صحية هي الرابعة والخامسـة والسادسة والتي انتهت بنهاية عام 2005م. ولقد تميزت هذه المرحلة بعدة توجهات رئيسة شكلت عمل وزارة الصحة خلال تلك الفترة، والتي جاءت بعد مراجعة شاملة للنظام الصحي في عام 1990م. وكان من ضمن هذه التوجهات "لامركزية تقديم الخدمات الصحية" والتي تمت من خلال إنشاء عشر محافظات صحية على مستوى مديريات عامة في عام 1990م مع منحها التفويضات المالية واللامركزية في إدارة الخدمات الصحية وفق مرجعيات وضوابط محددة. وتلا ذلك في عام 1993م، إنشاء إدارات محلية على مستوى الولايات، وفي عـام 2000م على مستوى المستشفيات المرجعية "الإدارة الذاتية للمستشفيات".

ولقد اعتمد التخطيط في خطط المرحلة الثانية على منهجية العملية الإدارية للتنمية الصحية، حيث اشتملت كل خطة خمسية على عدد من البرامج الصحية التي وجه كل واحد منها لحل مشكلة واحدة أو عدة مشاكل مشتركة وذات أولوية في السلطنة. ولقد أعد الإطار العام للخطط الصحية الرابعة والخامسة والسادسة على المستوى المركزي، وكذلك، أعدت 10 خطط تفصيلية على مستوى المحافظات ضمن الخطتين الخمسيتين الخامسة والسادسة، و 19 خطة على مستوى الولايات ضمن الخطة الخمسية الصحية السادسة، وهو الأمر الذي حدث لأول مرة في السلطنة تأكيداً على مبدأ "اللامركزية" في التخطيط الصحي.

وقد اهتمت خطط المرحلة الثانية من التخطيط لوزارة الصحة بالتطور النوعي بجانب التوسع الكمي والجغرافي للخدمات الصحية.  ولقد ساعدت سياسة لامركزية الخدمات الصحية على تمكين القدرات الإدارية وتعزيز عمليات التخطيط على المستوى المحلي، والتي ظهرت آثارها المباشرة على شكل وحجم التوسع في الخدمات الصحية الذي تحقق في المحافظات الصحية بالسلطنة خلال سنوات تلك المرحلة (1991-2005م). فقد شهدت المرحلة الثانية من التخطيط إنشاء وتطوير عدد من المستشفيات في المحافظات الصحية خارج محافظة مسقط بهدف توفير مستشفى مرجعي يوفر خدمات تخصصية من المستوى الثاني وبعض تخصصات الرعاية الطبية من المستوى التخصصي الثالث بكل محافظة صحية. كما شهدت تلك المرحلة أيضا اهتماما متزايدا بتنمية الموارد البشرية وتأهيل الكوادر الوطنية، تمثل في إنشاء عدد من المعاهد الصحية لتأهيل وتدريب فئات طبية مساعدة في مجالات التمريض العام والمختبرات الطبية والأشعة التصويرية ومساعدي جراحة الفم والأسنان ومساعدي الصيادلة والمراقبين الصحيين وغيرها من المجالات الطبية المساعدة.  

اشتملت المرحلة الثالثة من الخطط الصحية علي خطتان صحيتان وهي خطة التنمية الصحية السابعة وخطة التنمية الصحية الثامنة. وقد روعي عند تصميم منهجية هاتين الخطتين أن تكون هناك "الخطة الإستراتيجية الوطنية" وتشتمل كل منهما على رؤى صحية ومن ثم تم وضع الأهداف العامة والاستراتجيات على المستوى الوطني وكذلك اشتملت الخطتان على النتائج المتوقعة وذلك باستخدام منهجية الإدارة المبنية على الأدلة. كما تم وضع عدد من الخطط المفصلة على مستوى المحافظات الصحية "خطط تنفيذية" التي أخذت في الاعتبار إستراتجيات وأهداف  "الخطة الإستراتيجية الوطنية" وكانت تعني بوضع تلك الإستراتيجيات والأهداف الوطنية موضع التنفيذ وقد تم وضع الخطط التفصيلية بمعرفة المديريات العامة بالمحافظات الصحية بالتعاون مع الدوائر المركزية واشتملت على التوجهات والأنشطة التنفيذية والاحتياجات من الموارد وكذلك مؤشرات متابعة وتقييم تنفيذ الأنشطة وتحقيق الأهداف مع جداول زمنية لتنفيذ الأنشطة. كما تم تصميم عدد من الخطط الداعمة على مستوى بعض الولايات وذلك من قبل اللجان الصحية بتلك الولايات من شأنها دعم الخطط التنفيذية وجاءت هذه الخطط الداعمة في شكل مشروعات صحية قصيرة الأجل لمدة عام واحد وتعمد على مشاركة المجتمع وتعاون الجهات الأخرى المعنية بالصحة.