يختص قسم أمن المعلومات الإلكترونية بإيجاد وتفعيل نظام متكامل لإدارة الأمن الإلكتروني والسلامة المعلوماتية داخل الوحدة، إلى جانب إعداد خطط التدقيق والتقييم الأمني للبرامج والشبكات والنظم ونشاطات المستخدمين، ومتابعة تنفيذ التوصيات المتعلقة بالحلول الأمنية المناسبة. كما يعمل القسم على إعداد ومراجعة السياسات والإجراءات الخاصة بأمن المعلومات والسلامة المعلوماتية، بما في ذلك أمن الوثائق، والإشراف على تنفيذها، والمشاركة في إعداد ومراجعة خطط الطوارئ واستمرارية الأعمال. ويتولى أيضاً متابعة الالتزام بالمعايير والسياسات المعتمدة، وضمان متابعة التحذيرات والإعلانات الأمنية المتعلقة بالمخاطر والثغرات، والتعامل مع الحوادث الأمنية والإبلاغ عنها، وتحليل المخاطر والتهديدات الإلكترونية ونطاق تأثيرها. ويشمل دوره التنسيق لتحليل الأدلة الرقمية المرتبطة بالحوادث الأمنية، والتأكد من عدم إساءة استخدام الأجهزة والنظم والالتزام بتعليمات أمن وسلامة البيانات، بالإضافة إلى التنسيق لتنفيذ برامج التدريب والتوعية في مجال الأمن الإلكتروني. كما يقوم القسم برفع تقارير دورية إلى المسؤولين حول مؤشرات الأداء الرئيسية والمخاطر والحوادث المكتشفة، وإعداد خطة عمل سنوية تحدد أولويات العمل وبرمجة تنفيذها على مدار العام مع تقديم تقارير دورية عن الإنجازات والمعوقات، إلى جانب تنفيذ أية مهام أخرى تقع ضمن نطاق اختصاصه.